根据国务院发布的铁道部分拆议案，铁道部将一分为二。将拟订铁路发展规划的部门划入交通运输部；组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责，负责铁路运输统一调度指挥，经营铁路客货运输业务，承担专运、特运任务，负责铁路建设，承担铁路安全生产主体责任等。
资料显示，截至2012年三季度，铁道部资产为4.3万亿元，负债2.66万亿元，资产负债率为61.81%。此前有分析师表示，铁道部的还债高峰将从2014年开始。此前每年铁道部主要面临利息支出压力，从今年起铁道部也要陆续偿还本金。
该分析师还称，值得担忧的是，即将进入还债高峰期的同时，铁道部的盈利状况不仅没有好转，反而有所下降。数据显示，2009年，铁道部税后利润尚有27.43亿元；2010年，税后利润暴跌至1500万元；到2011年仍只有3100万元；截至2012年第三季度，铁道部甚至净亏85.41亿元。
同时铁道部也是中国最大的企业债券发行部门，铁道部在2012年发行的债券达到了1640亿元。此前为了刺激经济增长，中国政府加大了对铁路的投资，中国铁道路欠下了高额的债务。
现年63岁的盛光祖是在2011年刘志军案后被任命为铁道部部长，在公布铁道部将被撤消后，有记者问“作为末任铁道部长是否感到遗憾”，盛光祖说：“我当不当部长没有关系，关键是铁路要发展好。”
对于舆论广泛关心的铁道部债务问题，盛光祖表示，应该区分公益性债务和经营性债务，按照有关政策法规认真研究，妥善解决。
同时盛光祖也否认了大部制改革后铁路投资将受到影响的说法，他说：“实行大部制管理以后，全国的各种交通运输方式，包括铁路、公路、水路、民航，都可以统一规划，能够形成整体合力，中国的综合交通运输能力会有很大的提高。对于铁路本身而言，未来可以发挥自身运量大、低排放等优势，得到很好的发展。”
政企分开是此次机构改革的要义之一，旨在解决铁路部门长期以来“既当运动员、又当裁判员”的弊端。盛光祖认为，铁路政企分开以后，可以研究市场经济的规律，提供更好的服务，也能取得更大的发展空间。
